Invasi NERV mencapai klimaksnya! Asuka terdesak menangani Eva Series. Untung Shinji muncul dengan Unit 01 dan mengalahkan unit-unit Eva Series yang tersisa. Namun, terjadi pekembangan yang mengejutkan. Unit-Unit Eva Series yang telah dikalahkan, tiba-tiba bangkit! Pada waktu bersamaan, proses Third Impact melalui penggabungan Ayanami dengan Lilith, dimulai! Apakah umat manusia akan selamat dari Third Impact? Ataukah akan musnah untuk selamanya!?