Napak tilas ke masa 34 tahun menjelang invasi Angel.   
Perasaan ditinggalkan sang ibu dan diabaikan teman-temannya, membuat Gendou kecewa pada dunia dan berharap agar dunia ini hancur saja.
Saat itu muncullah murid pindahan, Kaworu Nagisa dengan segala kemisteriusannya.
Nagisa memberi Gendou pilihan, antara hidup sendirian dalam kegelapan dunia atau terluka bersama Yui, gadis yang mencintainya.